Hoewel het ondergaan van een klankschaalbehandeling diepgaande veranderingen in iemand kan bewerkstelligen, zowel lichamelijk als geestelijk, kent een behandeling met klankschalen weinig contra-indicaties. Een klankschaalbehandeling is over het algemeen dan ook niet schadelijk voor de gezondheid. Echter is het in sommige gevallen aan te raden af te zien van een klankschaalbehandeling. I

Voor alle duidelijkheid:
Een klankschaalbehandeling is geen vervanging voor een artsenbezoek of een geneesmiddel en kan nooit een vervanging zijn van welke vorm van reguliere behandeling of medicatie. 
Een klankschaal behandeling kan als ondersteuning bij een reguliere behandeling ingezet worden, na overleg met de behandelend arts en in overleg met de klankschaalbehandelaar.
Bij wederzijds akkoord zal het werken met klankschalen het genezingsproces en herstel bevorderen en de gezondheid versterken.

Ingeval van onderstaande aandoeningen of ziektes is het af te raden een klankschaalbehandeling te ondergaan:
- trombose
- ernstige hartklachten, pacemaker
- epilepsie
- psychose
- ernstige spataderen
- bij de eerste 12 en laatste 12 weken van een zwangerschap
- tijdens chemobehandelingen

In bovengenoemde gevallen is het raadzaam eerst overleg te hebben met de behandelend arts en ben je verplicht de klankschaalbehandelaar op de hoogte te brengen bij het aanmelden.